В воскресенье, 18 декабря 1949 г., в Таллине внезапно скончался епископ Таллинский и Эстонский Исидор. В тот же день на имя Святейшего Патриарха пришло телеграфное донесение Председателя Эстонского Епархиального Совета прот. Г. Алексеева. 19 декабря он получил в ответ следующую телеграмму:
«Скорблю о неожиданной кончине Преосвященного Исидора. Выражаю глубокое соболезнование духовенству и пастве. Совершить погребение поручено Митрополиту Григорию, ему же — временное управление епархией. Патриарх Алексий».
Одновременно было послано по телеграфу соответствующее распоряжение Митрополиту Григорию.
После погребения епископа Исидора, которое состоялось в четверг, 22 декабря, прот. Г. Алексеев, по благословению Митрополита Григория, прислал на имя Святейшего Патриарха подробное донесение об обстоятельствах кончины и погребении Преосвященного Исидора. Из этого донесения стало известно, что покойный владыка 18 декабря, до 3 час. дня, был в прекрасном настроении духа, читал бумаги, говорил о епархиальных делах. Но в 3 часа он почувствовал себя плохо и был уложен в постель. Вызванные два врача приняли все меры, но ничего не могли сделать для облегчения болезни. Когда прибыл третий врач, постоянно лечивший епископа Исидора, то владыка был уже без сознания. В этом состоянии он и скончался. Смерть последовала от кровоизлияния в мозг.
Через некоторое время мощные удары соборного колокола известили жителей города о кончине епископа. К вечеру того же дня прибывшие священнослужители облачили покойного в полное архиерейское облачение и совершили первую панихиду. На следующий день тело покойного было положено в гроб и перенесено в Никольскую церковь. В следующие дни — вторник и среду — в Никольском храме совершались заупокойные литургии, панихиды и чтение Евангелия священнослужителями города. В среду вечером был отслужен парастас, а в четверг утром гроб с останками покойного был перенесен в Александро-Невский собор.
Около 11 час. утра в собор прибыл Митрополит Григорий, который совершил заупокойную литургию в сослужении соборного причта, членов Епархиального Совета и благочинных. К отпеванию вышло все пробывшее духовенство. После запричастного стиха произнес слово благо чинный Пярнуского округа прот. И. Юмарик. Перед отпеванием теплое слово, посвященное памяти покойного, произнес Митрополит Григорий.. Прощальную речь от имени всей епархии сказал прот. Г. Алексеев.
Чин отпевания был окончен к 4 час. дня, гроб обнесли вокруг собора, и погребальная процессия направилась к кладбищу. По совершении литии гроб с телом покойного был опущен в землю рядом с могилой его предшественника по кафедре — епископа Павла.
На погребении присутствовала делегация от Ленинградской Духовной Академии в составе 5 студентов.
На этом донесении Святейший Патриарх начертал: «1949 Дек. 29. Мир душе почившего Архипастыря Преосвященного Епископа Исидора, до конца дней своих верно послужившего Церкви Божией».
Покойный владыка Исидор был облечен епископским саном совсем недавно — 22 июня 1947 г., а до этого посвящения он прошел более чем 40-летний путь служения Церкви в сане протоиерея.
Окончив в 1904 г. курс СПБ Духовной Академии со степенью кандидата богословия, Иван Яковлевич Богоявленский (таково мирское имя покойного) в том же году был назначен воспитателем в СПБ Александро-Невское Духовное Училище, а в следующем году получил назначение настоятелем Ямбургского собора.
Затем он служит в Кронштадте, потом в Гатчине, работая в это время над магистерской диссертацией на тему: «Значение иерусалимского храма в ветхозаветной истории еврейского народа», за которую в 1915 г. удостаивается Советом Петербургской Духовной Академии степени магистра богословия.
В дальнейшем его пастырская деятельность протекает в Таллине. В 1946 г. он назначается ректором Ленинградской Духовной Академии и Духовной Семинарий. С этого поста прот. Иоанн Богоявленский, по принятии им монашества, был переведен на кафедру епископа Таллинского и Эстонского.
Кроме магистерской диссертации, изданной в 1915 г., его перу принадлежат такие печатные труды, как учебник Закона Божия, «Православный Символ веры», «Религиозно-философские размышления» и др.