«Скончався вмале, исполни лета долга, угодна, бо бе Господеви душа его» (Прем. 4, 13–14)
Митрополит Никодим, давно страдавший тяжелым сердечным недугом, скоропостижно скончался 5 сентября 1978 года в Ватикане во время аудиенции у новоизбранного Папы Иоанна Павла I. Он находился в Риме, выполняя ответственную миссию нашей Церкви. В заседании Священного Синода 7 августа 1978 года в связи с кончиной Папы Павла VI от Московского Патриархата на его погребение было решено направить делегацию. Главой делегации был назначен митрополит Никодим. 9 августа митрополит Никодим прибыл в Рим и 10 августа у гроба Папы Павла VI совершил панихиду. В субботу, 12 августа, митрополит Никодим вместе с представителями других Поместных Православных и инославных Церквей присутствовал на отпевании Папы Павла VI.
Митрополит Никодим и архимандрит Лев (Церпицкий), входивший в состав делегации, согласно определению Священного Синода от 29 августа 1978 года, должны были представлять Русскую Православную Церковь и на торжествах интронизации нового Предстоятеля Римско-Католической Церкви Папы Иоанна Павла 1 3 сентября.
3 сентября митрополит Никодим вместе с представителями других Церквей присутствовал на интронизации Папы Иоанна Павла I.
5 сентября Папа Иоанн Павел I принимал делегации некатолических Церквей и христианских организаций. Утром в десятом часу по римскому времени была принята делегация Русской Церкви. Как отметил в своем слове при погребении кардинал Иоанн Вилле-брандс, у Владыки Никодима в то утро была заметна большая усталость.
Митрополит Никодим и Папа Иоанн Павел I братски приветствовали друг друга. Митрополит Никодим передал приветствие новому Предстоятелю Римско-Католической Церкви от имени Святейшего Патриарха Пимена. Священного Синода и всей Полноты Русской Православной Церкви. Он выразил надежду, что развитие братских отношений между нашими Церквами, так хорошо начавшееся во время понтификата Папы Иоанна XXIII и продолжавшееся при Папе Павле VI, будет развиваться и дальше для укрепления взаимопонимания Церквей и их совместного миротворческого служения.
Папа Иоанн Павел I поблагодарил митрополита Никодима за его благопожелания и просил его передать, в свою очередь. Святейшему Патриарху Пимену пожелания доброго здоровья и плодотворных трудов на благо Русской Церкви. Папа сказал, что он всегда следил за экуменическим движением, в котором активно участвует митрополит Никодим, и всем сердцем своим поддерживал его. Он выразил пожелание, чтобы дело это плодотворно продолжалось.
В конце этой встречи у митрополита Никодима резко упала деятельность сердца. Были приняты все меры неотложной врачебной помощи, однако медицина была уже бессильна. Кончина наступила в результате прекращения сердечной деятельности. Папа прочитал отходные молитвы и молитву об отпущении грехов почившего иерарха. Прибыл государственный секретарь кардинал Иоанн Вилло и также совершил молитву. Затем тело почившего Владыки перенесли в приходский храм в Ватикане во имя святой Анны. Архимандрит Лев облачил Владыку в архиерейские богослужебные одеяния. Во второй половине дня старейшина коллегии кардиналов кардинал Карло Конфалоньери, многие другие кардиналы и епископы прибыли в храм святой Анны, чтобы помолиться об упокоении души митрополита Никодима. Архимандрит Лев совершил заупокойное богослужение, на котором присутствовал кардинал Иоанн Виллебрандс с сотрудниками Секретариата по содействию христианскому единству. Молились делегации многих Церквей и организаций. Присутствовали многие епископы, прелаты, священники Римско-Католической Церкви.
После совершения заупокойного богослужения, в соответствии с существующими в таких случаях правилами, гроб с телом почившего иерарха был установлен в цинковый и помещен в дубовый гроб.
7 сентября из Москвы в Рим вылетела делегация в составе митрополита Крутицкого и Коломенского Ювеналия, митрополита Минского и Белорусского Антония и архиепископа Выборгского Кирилла и других представителей нашей Церкви. Члены делегации совершили у гроба почившего святителя панихиду. Затем они были приняты Папой Иоанном Павлом 1, который взволнованно рассказал им о потрясшей его кончине иерарха Русской Церкви.
8 сентября гроб с телом митрополита Никодима специальным самолетом был доставлен в Ленинград и был встречен с любовью и почитанием многотысячной осиротевшей и опечаленной его паствой, собравшейся в Свято-Троицком соборе в Александро-Невской Лавре. У многих на лицах видны были слезы, слышались и сдерживаемые и непотаенные плач и рыдания. Под перезвон колоколов гроб был внесен в собор и установлен пред солеей на особом возвышении. На гроб возложили архиерейскую митрополичью мантию и белый митрополичий клобук. Десятки венков были установлены у гроба. Литургию 9 сентября совершил архиепископ Кирилл в сослужении постриженников митрополита Никодима. Вечером здесь было совершено заупокойное всенощное бдение, которое возглавил митрополит Ювеналий. На следующий день в Ленинград прибыли Святейший Патриарх Московский и всея Руси Пимен, постоянные члены Священного Синода, многие другие архиереи Русской Церкви. Прибыли также в Ленинград, чтобы отдать последний долг митрополиту Никодиму, многие зарубежные церковные и религиозные деятели.
10 сентября в Свято-Троицком соборе состоялось отпевание митрополита Никодима.
Божественную литургию в соборе в этот день совершили митрополит Крутицкий и Коломенский Ювеналий, архиепископ Курский я Белгородский Хризостом, архиепископ Выборгский Кирилл, епископ Тульский и Белевский Герман, епископ Архангельский и Холмогорский Исидор в сослужении множества клириков. За литургией молились Святейший Патриарх Пимен и собор архиереев. Согласно завещанию почившего иерарха, отпевание совершено было по монашескому чину. Его возглавил Святейший Патриарх Пимен в сослужении Блаженнейшего Митрополита Пражского и всей Чехословакии Дорофея, Архиепископа Карельского и всей Финляндии Павла, а также постоянных членов Священного Синода Русской Церкви, других прибывших проститься с почившим Владыкой митрополитов, архиепископов и епископов, и среди них митрополита Сурожского Антония (Западноевропейский Экзархат), многочисленного духовенства. В отпевании участвовали митрополит Пловдивский Варлаам, епископ Стобийский Арсений и архимандрит Наум, настоятель Болгарского подворья в Москве — от Болгарской Православной Церкви, митрополит Гельсингфорсский Иоанн — Финляндская Православная Церковь, игумен Симон, секретарь Президиума Митрополичьего Совета — Польская Православная Церковь, архимандрит Авель, игумен русского Свято-Пантелеимоновского монастыря на Святой Горе. На погребение митрополита Никодима прибыла делегация Римско-Католической Церкви, которую возглавил председатель Секретариата по содействию христианскому единству Высокопреосвященный Иоанн, кардинал Виллебрандс, архиепископ Утрехтский и Примас Голландии. Всемирный Совет Церквей представляли его президент Архиепископ Церкви Швеции д-р Олоф Сандби и д-р Конрад Райзер, заместитель генерального секретаря ВСЦ, Христианскую Мирную Конференцию — ее президент епископ д-р Кароли Тот. Были делегации от «Пакс Кристи интернационалис» — во главе с президентом этой международной христианской организации епископом Ивреи монсиньором Луиджи Бе-тацци, от Церкви Англии епископ Лондонский д-р Роберт Райнси, от Союза Евангелических Церквей в ГДР епископ д-р Вернер Круше, от Всемирного Альянса реформатских Церквей его генеральный секретарь д-р Эдмон Перре, от Евангелическо-Лютеранской Церкви Финляндии ее Архиепископ д-р Микко Юва, от римо-католического общества в Польше «Пакс», от Всесоюзного Совета евангельских христиан-баптистов, представители других всемирных и региональных экуменических, миротворческих и общественных организаций. Огромный Свято-Троицкий собор не мог вместить всех богомольцев, пришедших отдать молитвенный долг почившему архипастырю.
Песнопения Божественной литургии и чина отпевания исполняли хор Свято-Троицкого собора и хор студентов духовной академии.
Перед отпеванием Святейший Патриарх Пимен сказал прочувствованное слово, в котором отметил обширные и плодотворные труды митрополита Никодима на архипастырском поприще, а также в сфере экуменической, миротворческой и патриотической деятельности.
После пения «Непорочных» надгробное слово произнес кардинал Иоанн Виллебрандс, который как свидетель кончины митрополита Никодима обстоятельно рассказал о ней. Он подчеркнул особенно, что в случившемся надо видеть не жестокий случай, а волю и тайну Провидения, Митрополит Никодим скончался, выполняя миссию, служащую делу единства. Кардинал Виллебрандс отметил большие заслуги митрополита Никодима в ознакомлении Запада с духовными богатствами Русской Православной Церкви и жизнью русского народа.
По шестой песни канона прощальное слово произнес митрополит Ювеналий. Глубокой скорбью была исполнена его речь. Он отметил, прежде всего, исключительные заслуги почившего святителя в архипастырском окормлении епархий, которые были вверяемы его управлению. Митрополит Ювеналий сказал о высоком патриотическом, миротворческом и экуменическом служении Владыки Никодима.
По прочтении Евангелия разрешительную молитву прочитал настоятель русского Свято-Пантелеимоновского монастыря на Святой Горе архимандрит Авель.
В конце отпевания к молившимся обратился ректор Ленинградских духовных школ архиепископ Выборгский Кирилл. Он отметил самое важное, принципиальное и существенное в жизни митрополита Никодима. Этим главным, центральным и существенным являлась простая, открытая вера в Господа нашего.
Затем Святейший Патриарх Пимен прочитал стихиры преподобного Иоанна Дамаскина на последнее целование. Началось прощание с почившим Владыкой.
Священнослужители вышли из собора. Архиереи вынесли гроб с телом митрополита Никодима и с пением ирмосов «Помощник и Покровитель» и Трисвятого обнесли его вокруг собора. Большую траурную процессию собора духовенства заключали многочисленные богомольцы, составившие вместе с духовенством внушительное литийное шествие около храма. Согласно его завещанию, Владыка Никодим был погребен на братском кладбище в Александро-Невской Лавре. У места вечного упокоения была отслужена лития, и тело почившего святителя предано земле. Затем еще раз совершена была лития, и над могилой установлен дубовый восьмиконечный крест.
После погребения в помещениях Ленинградских духовных школ состоялась братская поминальная трапеза. На ней присутствовали участники отпевания и погребения митрополита Никодима, профессора и учащиеся Ленинградских духовных школ, гости. На видном месте в зале академии, где происходила трапеза, был помещен портрет почившего святителя в траурном обрамлении. Официальные представители произнесли речи в память усопшего иерарха.
Святейший Патриарх Пимен в своей речи еще раз, более подробно охарактеризовал церковную деятельность Владыки Никодима, отметив его вклад в качестве архипастыря Русской Церкви и во всех межцерковных областях деятельности Московского Патриархата, выразил признательность всем, кто принял участие в погребении и кто прислал соболезнования.
На похоронах митрополита Никодима были заместитель председателя Совета по делам религий при Совете Министров СССР В.Г.Фуров и уполномоченный Совета по Ленинграду и области Г. С. Жаринов. На поминальной трапезе В. Г. Фуров выступил с речью, в которой подчеркнул общественную, патриотическую и миротворческую деятельность митрополита Никодима.
Архиепископ Выборгский Кирилл огласил на поминальной трапезе множество телеграмм, поступивших на имя Святейшего Патриарха Пимена и митрополита Ювеналия с выражениями сочувствия и соболезнования от религиозных деятелей всего мира в связи с кончиной митрополита Никодима. Поминальная вечеря завершилась пением «Вечной памяти».